企业处理退税款项的方式需要遵循会计原则和相关税法规定，确保账务处理的准确性和合规性。从会计核算的角度来看，企业收到的退税款项应当严格按照财政部和税务总局的相关规定进行账务处理。对于增值税期末留抵退税，纳税人在税务机关准予留抵退税时，应借记“应交税费——增值税留抵税额”科目，贷记“应交税费——应交增值税（进项税额转出）”科目。

当实际收到退税款项时，企业应按收到的退税金额，借记“银行存款”，贷记“应交税费——增值税留抵税额”。如果企业需要将已退还的留抵退税款项缴回并继续按规定抵扣进项税额，则应按照缴回的退税款项金额，借记“应交税费——应交增值税（进项税额）”，贷记“应交税费——增值税留抵税额”，同时再借记“应交税费——增值税留抵税额”，贷记“银行存款”。

此外，对于执行《企业会计准则》的企业，收到的增值税期末留抵退税相关现金流量应当根据《企业会计准则第31号——现金流量表》列示，在“收到的税费返还”项目反映收到的退税款项，而在“支付的各项税费”项目反映缴回并抵扣进项税额的退税款项。执行《小企业会计准则》的企业，则应在“收到其他与经营活动有关的现金”项目列示收到的退税款项，在“支付的税费”项目列示缴回并抵扣进项税额的退税款项。

综上所述，企业处理退税款项需谨慎操作，不仅要考虑会计处理的准确性，还要确保符合税法规定，同时要正确反映在企业的财务报告中。这些操作不仅涉及到会计科目的借贷处理，更要精确地在企业的现金流量表中反映出来，以便全面、真实地展示企业的财务状况。